병원은 환자의 생명, 신체를 다루는 업종의 특성상 다양한 법적 규제를 받고 있다. 이에 따라 법위반의 경우 형사처벌 뿐만 아니라 행정처분이 뒤따르고 있다. 의료법을 위반하는 경우 면허정지처분이나 업무정지처분을 받을 수 있고, 건강보험 요양급여비용을 부당하게 청구하는 등 국민건강보험법을 위반하는 경우 업무정지처분 또는 과징금처분을 받게 된다. 또한 마약류 관리를 소홀히 하면 마약류취급정지 등의 처분을 받게 되고, 건강검진기관이 건강검진기본법을 위반하면 건강검진 업무정지 처분 등을 받게 된다. 이와 같이 병원을 운영함에 있어 다양한 행정처분이 예정되어 있고, 개별 의료기관에서는 이를 충분히 숙지하지 아니하면 대응에 있어서 상당한 어려움을 겪을 수 있다.

 병원운영을 함에 있어 의료법을 위반한 경우 보건복지부로부터 면허정지처분이나 업무정지처분이 내려지게 된다. 그런데 초기 단계에서는 관할 보건소가 법위반을 인지하거나 민원에 의한 처리를 하므로 보건소가 행정처분을 내리는 것으로 오해하기 쉽다. 보건소는 의료법 위반을 확인하면 수사기관에 형사처벌을 의뢰하고, 보건복지부에 행정처분을 의뢰하는 역할을 할 뿐 최종 결정을 하는 기관은 아님을 알아두어야 한다. 따라서, 의료법 위반으로 인한 행정처분에 대하여 법적 대응을 하기 위해서는 보건복지부장관을 상대로 하여야 한다. 행정심판을 청구한다면 국민권익위원회 산하 중앙행정심판위원회에 청구서를 제출하여야 한다. 행정소송을 한다면 지역에 상관없이 서울행정법원에 행정소송을 제기하여야 한다. 행정처분에 대한 법적 대응에 있어 가장 중요한 점은 제소기간이 있다는 것이다. 즉, 처분통지서를 받은 날로부터 90일 이내에 행정심판 또는 행정소송을 제기하여야 한다. 이는 불변기간이므로 90일에서 하루라도 넘어가면 청구가 각하되므로 기간이 넘지 않도록 주의를 요하여야 한다. 특히 간호사 등 직원들이 등기로 송달되는 행정처분서를 받고 병원장한테 알리지 않는 경우가 종종 있는데 이러한 병원내부 사정은 참작이 되지 않으므로 행정처분이 예정되어 있다면 언제나 송달여부를 체크하여야 한다.

 건강보험 요양급여비용을 부당하게 청구하여 행정처분을 받게 되는 경우 다른 행정처분보다 좀 복잡하다는 점에 유의하여야 한다. 건강보험 요양급여 부당청구금액은 국민건강보험법에 따라 국민건강보험공단에서 환수하고, 의료급여의 경우는 의료급여법에 따라 관할 지자체에서 환수한다. 그리고 부당금액에 따라 보건복지부장관이 업무정지 또는 과징금처분을 부과한다. 이와 같이 건강보험과 의료급여를 동시에 청구하는 의료기관의 경우 각기 다른 행정기관으로부터 3가지 처분을 받을 수 있다. 특히 요양급여비용 거짓청구의 경우는 위 처분에 더하여 의료법 위반으로 면허정지 처분이 내려지고 최근에는 명단공표처분까지 내려지고 있다. 이와 같이 각기 다른 기관들에서 처분을 내리기 때문에 동시에 행정처분이 내려지지 않고 시간차가 있어 당사자 입장에서는 당혹스러운 경우가 많이 있다. 따라서, 행정처분에 대하여 법적 대응을 하고자 할 경우에는 행정처분서가 모두 송달되는지 수시로 확인하여야 한다.

 한편, 행정처분에 대한 사전 처분이 내려지면 업무정지를 대체하여 과징금 처분을 내려주도록 요청할 수 있고, 면허정지·업무정지의 시점을 조정할 수 있으므로 소송 등 법적 조치를 하지 않더라도 처분청에 이러한 점을 적극적으로 소명할 필요가 있다.